

| スクールリーダーシップ開発専攻(修士課程) | - |
| 教科教育専攻(修士課程) | - |
| 特別支援教育専攻(修士課程) | - |
| 哲学・思想専攻(一貫制博士課程)(5年制) | |
| 歴史・人類学専攻(一貫制博士課程)(5年制) | |
| 文芸・言語専攻(一貫制博士課程)(5年制) | |
| 現代語・現代文化専攻(博士前期課程) | 現代語・現代文化専攻(博士後期課程) |
| 国際公共政策専攻(博士前期課程) | 国際公共政策専攻(博士後期課程) |
| 経済学専攻(博士前期課程) | 経済学専攻(博士後期課程) |
| 法学専攻(博士前期課程) | 法学専攻(博士後期課程) |
| 国際地域研究専攻(博士前期課程) | - |
| - | 国際日本研究専攻(博士後期課程) |
| 経営システム科学専攻(博士前期課程) | 企業科学専攻(博士後期課程) |
| 企業法学専攻(博士前期課程) | |
| 法曹専攻(専門職学位課程)(法科大学院) | |
| 国際経営プロフェッショナル専攻(専門職学位課程) | |
| 数学専攻(博士前期課程) | 数学専攻(博士後期課程) |
| 物理学専攻(博士前期課程) | 物理学専攻(博士後期課程) |
| 化学専攻(博士前期課程) | 化学専攻(博士後期課程) |
| 物質創成先端科学専攻(博士前期課程) (~平成23年度) | 物質創成先端科学専攻(博士後期課程) ナノサイエンス・ナノテクノロジー専攻(博士後期課程)(平成24年度~) |
| 電子・物理工学専攻(博士前期課程) | 電子・物理工学専攻(博士後期課程) |
| 物性・分子工学専攻(博士前期課程) | 物性・分子工学専攻(博士後期課程) |
| - | 物質・材料工学専攻(3年制博士課程)(独立連係専攻) |
| 社会システム工学専攻(博士前期課程) | 社会システム・マネジメント専攻(博士後期課程) |
| 経営・政策科学専攻(博士前期課程) | |
| リスク工学専攻(博士前期課程) | リスク工学専攻(博士後期課程) |
| コンピュータサイエンス専攻(博士前期課程) | コンピュータサイエンス専攻(博士後期課程) |
| 知能機能システム専攻(博士前期課程) | 知能機能システム専攻(博士後期課程) |
| 構造エネルギー工学専攻(博士前期課程) | 構造エネルギー工学専攻(博士後期課程) |
| 生命共存科学専攻(一貫制博士課程)(5年制) | |
| 地球科学専攻(博士前期課程) | 地球環境科学専攻(博士後期課程) |
| 地球進化科学専攻(博士後期課程) | |
| 生物科学専攻(博士前期課程) | 構造生物科学専攻(博士後期課程) |
| 情報生物科学専攻(博士後期課程) | |
| 生物資源科学専攻(博士前期課程) | 国際地縁技術開発科学専攻(博士後期課程) |
| 生物圏資源科学専攻(博士後期課程) | |
| 生物機能科学専攻(博士後期課程) | |
| 生命産業科学専攻(博士後期課程) | |
| 環境科学専攻(博士前期課程) | 持続環境学専攻(博士後期課程) |
| - | 先端農業技術科学専攻(3年制博士課程) (独立連係専攻) |
| フロンティア医科学専攻(修士課程) | - |
| スポーツ健康システム・マネジメント専攻(修士課程)
(東京キャンパス社会人大学院(夜間)) |
- |
| 教育学専攻(博士前期課程) | 教育基礎学専攻(博士後期課程) |
| 学校教育学専攻(博士後期課程) | |
| 心理専攻(博士前期課程) | 心理学専攻(博士後期課程) |
| 障害科学専攻(博士前期課程) | 障害科学専攻(博士後期課程) |
| 生涯発達専攻(博士前期課程)
(東京キャンパス社会人大学院(夜間)) |
生涯発達科学専攻(博士後期課程)
(東京キャンパス社会人大学院(夜間)) |
| 感性認知脳科学専攻(博士前期課程) | 感性認知脳科学専攻(博士後期課程) |
| 看護科学専攻(博士前期課程) | 看護科学専攻(博士後期課程) |
| 体育学専攻(博士前期課程) | 体育科学専攻(博士後期課程) |
| 芸術専攻(博士前期課程) | 芸術専攻(博士後期課程) |
| 世界遺産専攻(博士前期課程) | 世界文化遺産学専攻(博士後期課程) |
| - | ヒューマン・ケア科学専攻(3年制博士課程) |
| - | スポーツ医学専攻(3年制博士課程) |
| - | コーチング学専攻(3年制博士課程) |
| 生命システム医学専攻(医学の課程)(4年制) | |
| 疾患制御医学専攻(医学の課程)(4年制) | |
| 図書館情報メディア専攻(博士前期課程) | 図書館情報メディア専攻(博士後期課程) |