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第3回バイオインフォマティクス分野講演会

2019/08/02

演題:「階層ベイズモデルの紹介と腸内細菌叢データへの適用」

演者:細田 至温(早稲田大学大学院 先進理工学研究科 浜田道昭研究室 博士後
期課程1年)

要旨:近年の次世代シーケンサーの発達により、膨大なシーケンシングデータが
得られるようになった。このような膨大なデータを単純な統計解析で解釈するこ
とは困難を極める。そのため、モデルに事前知識を導入することで解釈性の高い
結果を得ることがますます重要になっている。その一つの方法として階層ベイズ
モデルが挙げられる。階層ベイズモデルではデータに階層的な分布を仮定するこ
とで注目したパラメタの分布を推定することができる。我々は階層ベイズモデル
の一つであるLDA (Latent Dirichlet Allocation) を腸内細菌叢メタゲノムに適
用した。これまで、腸内細菌叢研究ではクラスタリングによる被験者の層別解析
が主なものであった。しかしながら、クラスタリングでは細菌の共起グループで
あるassemblageを捉えられない。そこで、我々はassemblageを推定する手法とし
てLDAを採用した。結果として、これまでのクラスタリングによるアプローチでは
得られなかった、酪酸産生菌を含む属が支配的なassemblageを発見した。本発表
では階層ベイズモデルについて解説したのち我々の研究を紹介する予定である。

日時:2019年8月2日(金) 15:00-16:00
会場:筑波大学春日エリア 高細精医療イノベーション棟 3F 308
建物までのアクセス:https://sites.google.com/view/ozakilab-jp/contact
セミナー詳細: https://sites.google.com/view/ozakilab-jp/seminar

連絡先:バイオインフォマティクス研究室 ( haruka.ozaki#@#md.tsukuba.ac.jp / takaho.tsuchiya#@#md.tsukuba.ac.jp
(会場がアクセスしづらいため、外部の参加希望の方はメールをいただけるとスムーズです
#@#を 「@」 に置き換えてください)

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