連携大学院
先進各国では，知識創造の中核的な担い手である研究者の養成が最重要課題とされています。
近年の科学技術の急速な発展と高度化に伴い，研究分野の細分化，専門化が進む一方，従来の学問領域を越えた新しい境界領域が開拓され，学際的な研究が推進されるようになりました。
特に基礎から応用分野に関わる広い範囲の知識を必要とする学際研究では，専門分野を異にする研究者間の協力が重要となっており，また，これに対応する学際融合的な新しい型の研究者育成が強く求められています。
筑波大学では，このような学問的，社会的要請に応えるため，筑波研究学園都市等にある多数の国立，独立行政法人，民間企業等の研究機関と連携を図り，各研究機関の研究者を本学の教授・准教授に迎えるとともに，最新の研究設備と機能を有する当該研究機関の優れた環境のもと，本学学生の研究指導を行う連携大学院方式を実施しています。
2009年度現在では，23の研究機関と連携しています。
●教員
国立，独立行政法人，民間企業等の研究機関の研究者を本学の教員として迎え，それらの研究者が所属する研究機関や本学で，研究指導等を行います。
●副指導教員等
副指導教員または協力教員（本学の専任教員）を置き，研究指導等を担当する研究者に協力して，修学指導や学生生活支援を行います。
●学生
学生は，本学の大学院研究科に在籍し，最新の設備と機能を有する研究機関において，当該分野の研究者から最先端レベルの研究指導を受けます。
なお，課程修了に必要な授業科目の履修は原則として本学において行います。
連携大学院方式を実施している研究科及び連携機関
| 研究科 | 専攻 | 連携研究機関 | 主な連携分野 |
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数理物質科学
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物理学（前・後） | 産業技術総合研究所 理化学研究所 日本原子力研究開発機構
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先進学際物理学，核融合・プラズマ |
| 化学（前・後） | 産業技術総合研究所
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機能性高分子化学，高速分光化学 | |
| 物質創成先端科学（前・後） | 日本電気(株) 産業技術総合研究所 ＮＴＴ物性科学基礎研究所
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物性物理，有機・高分子化学 | |
| 電子・物理工学（前・後） | 産業技術総合研究所
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半導体エレクトロニクス，ナノテクノロジー | |
| 物性・分子工学（前・後） | 産業技術総合研究所
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ナノバイオテクノロジー，電子物性 | |
| 物質・材料工学（３年制） | 物質・材料研究機構
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先進材料 | |
| システム情報工学
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社会システム工学（前） | 国立環境研究所 建築研究所
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都市計画 |
| 社会システム・マネジメント（後） | 国立環境研究所 建築研究所
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| コンピュータサイエンス（前・後） | 産業技術総合研究所
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知能ソフトウェア，メディア工学 | |
| 知能機能システム（前・後） | 産業技術総合研究所
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知能システム，情報技術 | |
| 構造エネルギー工学（前・後） | 日本原子力研究開発機構 産業技術総合研究所 土木研究所
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エネルギー工学，材料力学 | |
| 生命環境科学
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地球科学（前） | 防災科学技術研究所 気象研究所 産業技術総合研究所
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陸域水循環システム，海洋・大気相互システム，地球物性科学 |
| 地球環境科学（後） | 防災科学技術研究所 気象研究所
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| 地球進化科学（後） | 産業技術総合研究所
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| 生物科学（前） | 国立環境研究所 産業技術総合研究所 アステラス製薬(株) 理化学研究所 農業生物資源研究所 東京都医学研究機構 国立感染症研究所
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細胞運動学，代謝遺伝学，植物分子生物学，植物遺伝生理学，動物発生遺伝学，ＲＮＡ機能学，植物ゲノム学，感染免疫学 | |
| 構造生物科学（後） | 国立環境研究所 産業技術総合研究所
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| 情報生物科学（後） | アステラス製薬(株) 理化学研究所 産業技術総合研究所 東京都医学研究機構 国立感染症研究所 農業生物資源研究所
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| 生命共存科学（一貫） | 農業生物資源研究所 国立環境研究所
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生物防御学，生物環境修復学 | |
| 生物資源科学（前） | 農業・食品産業技術総合研究機構 森林総合研究所 農業生物資源研究所 農業環境技術研究所 産業技術総合研究所 理化学研究所 国際農林水産業研究センター
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農村環境整備学，食品品質評価工学，森林多様性解析学，植物細胞遺伝情報学，植物生産環境生理学，時間細胞生物学，植物糖鎖生化学，植物機能高分子科学，動物リソース工学 | |
| 国際地縁技術開発科学（後） | 農業・食品産業技術総合研究機構 農業環境技術研究所 国際農林水産業研究センター
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| 生物圏資源科学（後） | 農業生物資源研究所 森林総合研究所
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| 生物機能科学（後） | 産業技術総合研究所 森林総合研究所 農業生物資源研究所 農業・食品産業技術総合研究機構 理化学研究所
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| 環境科学（前） | 国立環境研究所
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地域環境保健，地域大気汚染 | |
| 持続環境学（後） | 国立環境研究所
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| 先端農業技術科学（３年制） | 農業・食品産業技術総合研究機構
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果樹ゲノム育種，フィールドインフォマティクス | |
| 人間総合科学
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感性認知脳科学（前・後） | 産業技術総合研究所
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脳型情報処理機構学 |
| 生命システム医学（一貫，標準４年） | 理化学研究所 国立感染症研究所 国立国際医療センター研究所 国立環境研究所
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ゲノム機能学，国際ウィルス学，国際医療学，環境保健学 | |
| 疾患制御医学（一貫，標準４年） | アステラス製薬(株) 産業技術総合研究所 エーザイ(株)筑波研究所 物質・材料研究機構 国立がんセンター東病院 医薬品医療機器総合機構
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分子情報医学，分子創薬学，生体材料・再生医工学 | |
| 図書館情報メディア
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図書館情報メディア（前・後） | (株)電通 理化学研究所 日本電信電話(株)アクセスサービスシステム研究所 凸版印刷(株)
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情報メディア社会，情報メディアシステム， 情報メディア開発，情報メディアマネージメント |
