学群・大学院・学内組織
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研究組織

学系 （※2012年３月まで）
研究上の目的に応じ，及び教育上の必要性を考慮して28学系が置かれています。
最先端研究開発支援プログラム
最先端研究開発支援プログラム（ＦＩＲＳＴ：Funding Program for World-Leading Innovative R&D on Science and Technology）は，我が国の研究開発力の強化及び産業，安全保障等の分野における国際競争力の強化を支援するとともに，研究開発成果を国民及び社会へ還元することを目的としたプログラムです。このプログラムの最大の特色は「研究者最優先の研究開発」という考え方であり，研究者が研究に専念できる徹底したサポート体制，多年度にわたる研究資金の柔軟な使用を可能としています。本学では，山海嘉之教授（サイバニクス研究コア，システム情報工学研究科）と柳沢正史教授（分子行動科学研究コア）の２件のプログラムの支援を行っています。
グローバルCOEプログラム
平成14年度から文部科学省において開始された「21世紀COEプログラム」の評価・検証を踏まえ，その基本的な考え方を継承しつつ，我が国の大学院の教育研究機能を一層充実・強化し，世界最高水準の研究基盤の下で世界をリードする創造的な人材育成を図るため，国際的に卓越した教育研究拠点の形成を重点的に支援し，もって，国際競争力のある大学づくりを推進することを目的とする事業です。本学では「サイバニクス：人・機械・情報系の融合複合」が採択されてました。
２１世紀COEプログラム
国際競争力のある世界最高水準の大学づくりを推進するため，大学院(博士課程)レベルの専攻等を対象とし，文部科学省から予算の重点配分を受ける（トップ30改め）「世界的教育研究拠点の形成のための重点的支援　-21世紀COEプログラム-」を受けている研究です。
特別プロジェクト研究組織
学問上の要請や社会的要請が強く大型の総合研究や境界領域の研究などを行うための期限（5年）付きのプロジェクトが設置されてい ます。